Eierstocküberreaktion
Um eine (inzwischen seltene) Überreaktion der Eierstöcke zu vermeiden, ist bei den Behandlungen mit hormoneller Stimulation eine strenge Überwachung erforderlich. Entwickelt die Patientin dennoch ein sogenanntes Überstimulationssyndrom, muss die Behandlung möglicherweise abgebrochen werden.

Mehrlingsschwangerschaften
Da eine Schwangerschaft und Geburt bei Mehrlingen, auch Zwillingen, stets eine außerordentliche Erhöhung des Risikos für Mutter und Kinder darstellt, befürworten auch in Deutschland die Ärzte einen sogenannten single-Embryo-Transfer.

Eileiterschwangerschaft, Fehlgeburt
Tritt nach einer der beschriebenen Behandlungsmaßnahmen eine Schwangerschaft ein, so können alle bei Schwangerschaften möglichen Komplikationen auftreten. Dazu zählen Eileiterschwangerschaft, Fehlgeburt und alle anderen bekannten Schwierigkeiten. Das Risiko für das Eintreten derartiger Komplikationen ist nicht in den Behandlungsmethoden zu suchen, sondern in erster Linie in den individuellen Eigenschaften, die die Patientinnen mitbringen.

Fehlbildungen
Das Auftreten einer Fehlbildung beim Kind kann für keine Schwangerschaft ausgeschlossen werden. Die Diskussion darüber, ob für Kinder, die nach einem IVF- oder ICSI-Verfahren gezeugt wurden, das Risiko einer Fehlbildung erhöht ist, ist bis heute nicht abgeschlossen.

Speziell bei einer ICSI-Behandlung muss jedes Paar eine Beratung über mögliche Risiken erhalten und ggf. auch genetisch beraten werden.